Il Centro Puzzle è suddiviso dal punto di vista logico in 3 sotto-centri (due diurni simili tra loro e un centro residenziale): il centro diurno Puzzle 1 è stata la prima struttura ad entrare in funzione nel 2001, il centro diurno Puzzle 2, costruito successivamente e entrato in funzione a fine 2010 e il centro notturno, entrato in funzione insieme a Puzzle 1, ma fino al 2010 gestito da una società esterna.
Nel 2014 è nato il progetto di Mini Puzzle, volto a rispondere alle esigenze terapeutiche nei bambini affetti da cerebrolesione.
